El Instituto San Basilio Magno cuenta en el Nivel Secundario con el Ciclo Básico (1er y 2do año), dos divisiones en cada turno, y el Ciclo Orientado, también en ambos turnos, con dos orientaciones: Ciencias Sociales y Humanidades, y Ciencias Naturales, preparando a los jóvenes para sus futuros estudios superiores, con el objetivo de formarlos integralmente y acompañarlos a descubrir su propio proyecto de vida, preparándolos para ser ciudadanos responsables, protagonistas, críticos, creadores, transformadores de la sociedad a través de la conjunción fe y ciencia.
En el Nivel Secundario se propone vivir y enseñar valores como caridad y solidaridad, honestidad, justicia y libertad, responsabilidad y compromiso, promoviendo la participación progresiva en instancias de desarrollo de proyectos escolares relacionados al servicio, a las actividades pastorales y al cuidado del medio ambiente, con conciencia ecológica y siguiendo los pasos de la Encíclica Laudato Si del Papa Francisco (el cuidado de la casa común), que nos pide hacer realidad una ecología integral, en la que los hombres cuidamos unos de otros y todos cuidamos del medio ambiente.